時は2029年。近未来の日本。世界は高度に情報化が進み、地球全体を覆う巨大な企業ネットワークが張り巡らされ、電子と光がそこを駆け巡っている。しかし、国家や民族集団は依然として存続している。 全身サイボーグの草薙素子は、バトーらを擁する精鋭戦闘部隊を率いている。部隊を指揮する傍ら、草薙は新たな脅威に対して先制攻撃を仕掛けるための専門部隊の創設を構想していた。 一方、同様の部隊の設立を計画していた内務省のアラマキ・ダイスケは、草薙とそのチームを招き入れた。彼らは共に、「シェル・スクワッド」として知られる攻撃的戦術部隊「公安9課」として活動を開始する。 複雑なサイバー犯罪や国際的な陰謀に立ち向かう中、捜査の先には「パペット・マスター」と呼ばれる正体不明の謎のハッカーの存在が浮かび上がってくる。 草薙を待ち受ける運命とは？そして、パペット・マスターの真の目的とは？サイバーパンク・アクションの新時代が幕を開ける。
